Родился Евгений 28 февраля 1834 г. в семье священника Евсигния Феодоровича Пескова1 в богатом селе Матвееве глухого Кологривского уезда Костромской губернии. Отец выбрал ему фамилию в честь не только знаменитого земляка академического философа Федора Александровича Голубинского2, но и его младшего брата Евгения, бывшего приятелем отца по семинарии. Не исключено, что и имя сыну отец дал в честь друга.
Грамота давалась историку легко. Он вспоминал, что отец учил его по знаменитой в то время среди священников книге «Путь к спасению» Феодора Эмина. «Красноречие книги, состоящей из восьми размышлений, первое из которых начинается словами: „Опомнись, в светских роскошах погруженная душа моя!“ – приводило в восхищение нас обоих – и отца, и меня»3. Дед по отцу – священник села Успенье-Нейское Федор Никитич Беляев хвалил резвого мальчика, приговаривая: «Ты будешь у меня академистом»4.
В восемь лет Евгений потерял мать Анну Козьминичну, смерть которой сильно повлияла на него: из мальчика резвого он сделался замкнутым и нелюдимым, стал чуждаться сверстников и игр5.
В 1843 г. Голубинского отвезли в Солигаличское училище, где, по мнению отца, «лучше учили и секли». Там по традиции ему сразу дали прозвище – «медведь». Эти годы известны нам только из «Воспоминаний» и примечательны усердным учением подростка. Успехи Евгения в греческом языке привели однажды П. Н. Альбова, преподававшего краткий катехизис, в такой восторг, что он пообещал ему великую будущность.
В последнем классе духовного училища из семинарии пришло предписание отобрать у всех учеников произвольные фамилии и восстановить старые, отцовские, но для Евгения, очевидно, за его успехи, сделали исключение – ему была оставлена громкая фамилия, и он с честью пронес ее до конца жизни, став ординарным академиком Академии наук и оправдав возлагавшиеся на него с детства надежды.
Об учебе историка в Костромской семинарии помимо «Воспоминаний» имеется подробный очерк Н. И. Серебрянского6, написанный на основе архива семинарии по заказу С. А. Белокурова в 1915 г. для издания в «Чтениях Императорского Общества истории и древностей Российских» (ЧОИДР).
Из профессоров на Голубинского оказал влияние преподаватель патрологии П. С. Смирнов, увлекавший семинаристов чтением святоотеческих творений. Хорошо читался и ряд других предметов – риторика, православное исповедание, философия, пастырское и нравственное богословие. Преподаватель последнего предмета – К. Ф. Бронзов был отличным проповедником.
В 1854 г. по окончании семинарии Голубинский на казенный счет был послан в Московскую духовную академию (МДА). Историк отмечает в «Воспоминаниях», что в академии профессоров слушали плохо. Исключение он делает для бакалавра Священного Писания иеромонаха Михаила Лузина, чьи лекции о Бауэре и Штраусе считались тогда выдающимися и их слушали внимательно. Оказал решающее влияние на воспитание Голубинского как ученого и его земляк профессор Александр Васильевич Горский.
Голубинский все свое время отдавал учебе, которая предусматривала ежемесячное написание сочинений по каждому предмету. Из них наиболее высоко были оценены его сочинения по истории, истории литературы и Новому завету.
10 февраля 1859 г. Голубинский получил степень магистра богословия за первую научную работу – курсовое сочинение «Об образе действования православных государей греко-римских в IV, V и VI веках в пользу церкви, против еретиков и раскольников» (М., 1859; 2-е изд. М., 1860). Тема, заданная Синодом, предполагала использование исторического опыта первых веков для борьбы со старообрядцами и сектантами. Голубинский хорошо знал старообрядчество и позднее написал большую историческую работу «К нашей полемике со старообрядцами» (М., 1896; 2-е изд. М., 1905). В ней он собрал исторические и археологические материалы, объективно разрешающие многие спорные вопросы, приведшие к расколу. Этот труд серьезно подрывал противораскольническую пропаганду. Что касается сектантов, то их нравственность он ставил в пример в своих публицистических статьях. Но пока что, будучи студентом, он вынужден был писать по теме, формулировка которой противоречила его христианским понятиям – он вовсе не считал, что насильственные меры против раскольников приносят пользу церкви. Сочинение пришлось переписывать. Его окончательный вариант был правлен А. В. Горским, в угоду вкусам начальства дополнившим его «полицейским красноречием» (как выразился в своих «Воспоминаниях» Голубинский) о благодетельности мер против еретиков и раскольников.
