Пребывание в заключении за веру
Особое место в жизни старицы занимает пребывание в заключении в конце 30-х гг. ХХв. Она очень мало рассказывала об этом близким ей людям уже в годы старчества.
Тело Матушки, по свидетельству келейницы Марии Александровны Скидан, было покрыто многочисленными шрамами.
Матушка рассказывала, что она претерпевала унижения и оскорбления, сопереживала вместе с сокамерниками последние часы перед расстрелами.
Из камеры, в которой она была заключена, каждую ночь выводили на расстрелы священников и мирян. И вот в камере остался только один священник с сыном, а также Агафия. Вместе они совершили по себе панихиду. Но священник предсказал Агафии, что она останется жива.
Ее ожидала та же участь, но Господь спас ее благодаря чудесному явлению святого апостола Петра. Мы можем только предполагать как это могло произойти, подробностей Матушка не рассказывала, только знаем, что у Господа нет ничего невозможного.
Попытки разыскать материалы следствия и заключения не дали результатов, возможно их уничтожили в результате побега из заключения. Совпало указанное местонахождение заключения в Одесской области, указанное самой матушкой Алипией с рассказом Самохиной Анны Андреевны. Она вместе с братом и подругой Фросей Моисеевой посещала в тюрьме в Одесской области в 1939 году Агафию Авдееву, уже тогда обладавшую даром прозорливости. Заключенные занимались производством деревянных ящиков. Анна Андреевна в магазине в Одессе, вместе с Фросей нашла в обыкновенном ящике, использовавшемся для тары, между досками письмо. Раскрыв его, она поняла, что оно было написано некой Агафией. Это было безбоязненное обращение к православным людям хранить православную веру, не забывать Бога и верить в Него. Возможно, матушка Алипия уже тогда обладавшая даром прозорливости, знала в чьи руки оно попадет. Анна Андреевна, спрятав письмо, отнесла его в храм, прихожанкой которого была. Там в среде верующих оно переходило из рук в руки. Фрося сказала Анне Андреевне: «Мы найдем эту женщину». У Фроси брат Василий в то время работал в тюрьме, находящейся в Одесской области. Ему был 21 год. Фрося послала письмо брату и через некоторое время получила ответ, что именно в этой тюрьме отбывала наказание Агафия, которую они искали. Василий был верующим человеком и назвал Агафию прозорливой.
Анна Андреевна вместе с Фросей получили разрешение на свидание, привезли ей еду, но Агафия ничего не взяла. В то время у Анны Андреевны было онкологическое заболевание груди. Агафия прозорливо указала на заболевание, помолилась о ней и после этого опухоль остановилась в росте и с нею Анна Андреевна дожила до 93 лет. Агафия в разговоре с ними предсказала скорое бедствие всего народа: «Будет большое горе, много людей погибнет и у тебя (т.е. у Анны Андреевны) тоже два сына погибнут, а третий вернется». Анна Андреевна получила похоронки на трех сыновей, но третий неожиданно вернулся. У Фроси в тот момент было очень затруднительное финансовое положение, ее семья была должна много денег. По происхождению она была дворянкой, и ей приходилось это скрывать. Агафия сказала Фросе где находится ее фамильное золото, которое Фрося впоследствии там и нашла, расплатившись с долгами.
Анна Андреевна и Фрося были потрясены встречей с Агафией. Вид ее уже тогда был монашеским, от нее исходила особая благодать.
Вскоре началась война. Василий погиб на фронте. А в 1978 году Анна Андреевна эмигрировала в Австралию. Информация о пребывании матушки Алипии в заключении была получена через Нину Ивановну Попенко. Она некоторое время проживала в Австралии и была прихожанкой храма св. велмч. Пантелеимона под Сиднеем, прихожанами которого была семья Анны Андреевны Самохиной. Еще одна деталь – после чудесного освобождения матушка Алипия до конца жизни не имела паспорта и прописки. Не смотря на то, что она даже в конце 70-х гг. находилась под особым надзором, о чем ныне свидетельствуют сами уполномоченные, Господь покрывал ее. Неоднократные попытки выселить ее из жилья, снести дом, забрать в дом престарелых не имели успеха. Уполномоченные следили за ней в городе и присутствовали вместе с народом во время бесед старицы в Голосеево, о чем докладывали непосредственно в органы КГБ. С одним из уполномоченных беседовала Л.Л.Билоненко и засвидетельствовала его рассказ. Также многие свидетели рассказывают, что к старице неоднократно приходили с проверками, допросами старицы и посетителей, с уточнением их личных данных и предъявлением документов. Также были неоднократные попытки снести дом, не уточняя при этом присутствие людей в доме.
Война, концлагерь, скитальческая жизнь
История жизни матушки Алипии до тюремного заключения, в военное время, до прихода в Киево-Печерскую Лавру, а также после ее закрытия открывает очень немногие события. Со слов матушки Алипии она в военное время была заключена в немецкий концлагерь, из которого бежала, пешком пришла в Киев и некоторое время проживала в деревне Капитановка Киевской области в многодетной семье.
Известен случай из ее жизни этого периода во время паломничества в Чернигов к мощам святителя Феодосия Черниговского. Этого святителя матушка Алипия особо почитала.
Она попросилась на ночлег к старосте одного из черниговских храмов. Он отказал, но в этот момент ему сообщили, что его дочь умерла от угарного газа, спав на печи. Староста побежал домой, матушка Алипия незаметно пошла за ним, застав у него дома огромное горе.
Она достала флягу со святой водой и, попросив людей расступиться, окропила ею ребенка и влила немного воды в рот. На глазах у всех присутствовавших умершая девочка ожила. Матушка скрылась, не смотря на розыски обрадованных родителей.
Еще одно событие, относящееся к послевоенному периоду жизни матушки Алипии, раскрывает благочестивый образ жизни странницы. Произошло оно в селении Литвиновка Макаровского района по Житомирской дороге в семье Зинаиды Ивановны Еленской.
Матушку Алипию приняли на ночлег. Страннице монашеского вида постелили рядом с девочкой, но утром благочестивая подвижница незаметно ушла, а мать Зинаиды Ивановны рассказывала, что странница всю ночь не прилегла на постель и молилась до утра, не вставая с колен.