В начале июня 1798 года на рейде острова Мальта показалось множество военных кораблей. Это генерал Бонапарт начал свою экспедицию в Египет. Он потребовал от хозяев острова – рыцарей Мальтийского ордена разрешения на высадку своих войск с целью пополнения запасов питьевой воды. Несмотря на отказ, десант был высажен, и после недолгого боя над столицей острова – городом Валлетта взвился французский флаг.
Предлог, конечно, был надуманным. В Средиземном море Мальта всегда имела стратегическое значение, и захват острова укреплял положение Франции в этом регионе. Позднее в своих мемуарах Бонапарт честно написал: «Решающим в захвате острова явилось то, что он отдался под покровительство императора Павла – врага Франции».
В ходе Великой французской революции все владения Мальтийского ордена в стране были конфискованы. Многие мальтийские рыцари перебрались тогда в Россию, где обратились к императору Павлу I с просьбой взять орден под свою опеку.
Русский монарх согласился и принял титул Великого магистра Мальтийского ордена. Государь подписал акт «О поступлении острова Мальты под защиту России» и приказал на всех картах обозначать его как губернию Российской империи. А на гербе российского государства появился мальтийский крест.
Также мальтийский крест стал государственной наградой в виде Ордена Святого Иоанна Иерусалимского. Союзник России – Великобритания официально заявила, что Мальта в круг её интересов не входит и, если русский император желает получить остров, она возражать не будет.
В Валлетте должен был разместиться русский гарнизон, состоящий из артиллеристов и трёх батальонов пехоты. Назначен был и губернатор острова – барон Шпрингпортен.
Осенью того же года британские корабли начали блокаду Мальты. Русской эскадре адмирала Ушакова было предписано оказывать англичанам всяческое содействие и совместными действиями освободить остров. В августе 1800 года французы капитулировали, но, вопреки всем договорённостям, над столицей острова взвился только британский флаг, что символизировало безраздельное и абсолютное господство здесь Великобритании. Все былые договорённости забылись быстро. Бывшие союзники разругались в пух и прах. Последовал разрыв русско-английских отношений. Эскадра Ушакова покинула Средиземное море. Английским судам был закрыт доступ во все русские порты.
В январе 1801 года Россия заключила договор с Францией. Теперь уже Наполеон обещал отдать Мальту России в обмен на военную поддержку в борьбе с Англией. Два монарха даже разрабатывали совместный поход в Индию. Однако уже в марте в результате заговора Павел I был убит. По мнению многих историков, в этом деле явно прослеживался «английский след». Многие из них и сейчас считают, что именно Мальта стоила Павлу жизни.
Новому императору Александру I Мальта была не нужна. От титула гроссмейстера ордена он отказался. С изображения российского герба мальтийский крест убрали. Ещё долгие годы Россия воевала с Францией, и её союзницей вновь стала Англия.
После завершения Наполеоновских войн и поражения Франции в 1814 году на конгрессе, который состоялся в Париже, владение британцами Мальтой было закреплено юридически. Частью Российской империи остров так и не стал.